单分子免疫检测原理是通过免疫标记的方法，利用抗体捕获和识别抗原，进行信号分子标记或是酶联标记的形式，通过单分子荧光信号检测或单分子酶促反应实现的单分子级别蛋白分子的检测，其检测灵敏度远超现有的化学发光技术平台。
中科先见的数字化单分子测定仪JX-1G，基于微阵列芯片，在毫米级芯片上雕刻（或浇筑）成千上万个微米级微井，每个微井体积约 40 fl 左右，随后将免疫复合物磁珠分配于微井中，再借助高分辨率荧光显微镜对荧光点进行计数，依据泊松分布理论，计算同时含珠子与荧光产物孔的数量/含珠子孔总数的比值，以此确定测试样品中的待测物浓度。